アクアトレイと呼ばれる世界に棲む生命体、幻獣。彼らと人類との戦争が終結し、十三年の月日が流れた。 冒険好きで無鉄砲な中学生、真(しん)は、幻獣に対し強い興味を抱いている。ある日、真は生き残りの幻獣が、自分達の住む島がある海域に逃れて来た事を知り、友人の勝志(かつし)と共に捜索に出る。しかし、見付け出した幻獣ウィーグルには、重要な使命があった。 再び始まろうとする人類対幻獣の戦争。真は、人智超えた力を発揮する幻獣と、同じ能力を持つ少女ラーラから、特異な空間、幽世(カクリヨ)の存在を知る。 やがて真は、幻獣との戦闘を生業とする組織、白兎隊(びゃくとたい)に入り、世界の覇権を争う幻獣戦争に身を投じていく。