11歳の少年アルティは、ある日突然届いた謎の人物からの手紙に従い、空飛ぶ銀河鉄道に乗って”魔法界”へと旅立った。 列車に乗り合わせたのは、不愛想だが面倒見の良い青年タブリと、一つ目の不思議な提灯男・提火。 怒涛の出来事に戸惑うアルティは、列車の中で眠気に負け、夢の中に落ちてしまう。 しかし目覚めた先で、自分の体に”魔法の力”が確かに眠っていたことを知る。 辿り着いた先は、真珠色の鳥が見張り番をする海辺の大きな駅。 そこから丘を登れば、魔法界を統べる「魔法管理局」の巨大な塔がそびえ立っていた。 そこでの新たな出会いを受け、アルティはわくわくする心をより膨らませていった。 やがてアルティは魔法学校へ入学する。だが、魔法はただ楽しいものではなかった。失敗して友達を火傷させてしまったり、想像通りにいかない魔法に振り回されてばかり。 魔法は人を癒すこともあれば、傷つけてしまうこともあるのだ＿＿。 すると、暗い気持ちでいっぱいになっているアルティに、黒い魔の手がおそいかかる。 引きずり込まれた部屋の中にいた、魔法学校の制服を着た年上の少女と、真っ黒の手鏡。 100年前に何があったのか＿＿＿＿今明らかになる。 個性的でどこか”ヘンテコ”なクラスメイトたちと、暖かな瞳で見守っていてくれる先生たち＿＿。 アルティはここ、『フロレスタ魔法学校』で色々なことを学び、 『自分だけの魔法』を見つけるため一歩一歩、確実に前へ進んでいく＿＿。 ＿＿夢と波乱とヘンテコに満ちた魔法界で、少年の冒険と成長の日々が今始まる……！