大昔の日本──── 無責任な親によって間引かれた子がいた。 其の子は怨みを忘れられず、親を呪い殺した後、自身を圧し殺した石臼に触れた者さえも呪った。 そこで平安時代のとある陰陽師は、間引かれた子らの魂を石臼の中に封じ込め、「座敷神社」で神として崇め奉った。 だが、人一倍強い怨みを宿した1番目の子、「日ノ本 朝菊」は石臼の封印を抜け、1000年の間人々に幸と不幸を齎してきた。 時は流れ令和の時代…間引きなど無くなった時代。朝菊は自身と兄弟達を石臼に封じ込めた陰陽師の子孫であり今も密かに陰陽師の活動を続ける高校1年生の双子、「安倍 晴」と「安倍 明」と出会う。