桜庭桔梗は中学二年生。普通の女の子だけど、実は「陰陽師」の修行中。そんなある日、ロンドンから転校生がやって来た。ユーリとカイト。二人は魔法学校アカデミア・マギカから派遣された「魔法少年」だった。彼らの使命は、この学校にひそむ悪い魔法使いソーサラーを見つけ出すこと。 短気だけど天才的なユーリと王子様みたいで優しいカイト。対照的な二人と出会った桔梗は、陰陽師としての力を見せたことで信頼され、一緒にソーサラーを追う。あることから二人は桔梗の家に住むことになり、弟ともすぐに仲良しに。学校ではユーリの幻惑魔法を使って正体を隠し、怪しい人物を調べていく三人にソーサラーの影が近づく。 本当の敵は先生に化けていた。彼は禁じられた「不老不死の魔法」を自分にかけた元魔法使いで、学校で大災害を起こそうとしていた。三人は力を合わせて立ち向かうが、カイトがやられ、ピンチに。桔梗はユーリと一緒にたたかうが、及ばない。おじいちゃんのアドバイスで二人が力を合わせ、ようやくソーサラーをやっつける。戦いのあと、アカデミアに帰っていく二人。ユーリに手を振った桔梗はようやく自分の気持ちに気づく。友情と冒険、そしてちょっとだけ恋のときめきがつまった物語。