現代科学の結晶を詰め込んだおもちゃ――、エンジェル・エッグからは、世界でたった一つ、自分だけのエンジェルが生まれる。エンジェルは内蔵されているＡＩチップによって学習し、成長していく。 　小学五年生の神久瑠美恵も流行りのエンジェル・エッグを孵すと、ペンギンのような見た目のエンジェルが生まれる。エンジェルにキュー太郎と名付け、一人前のエンジェルに育てようと意気込む瑠美恵だったが、キュー太郎は天使なのに、なぜか飛ぶことができない。そのせいで不良品ではないかと同級生たちからバカにされてしまう。 　瑠美恵はキュー太郎を飛べるようにしようと躍起するが、うまくいかない。おまけに能天気なキュー太郎につい感情的になり、キュー太郎を置き去りにしてしまう。けれど幼馴染の極に、世界に一つだけのエンジェルなのに、周りと比べてどうする。飛べないならできるよう面倒を見るのがブリーダーの役目だと諭されると反省し、急いでキュー太郎の元に戻るが、運悪く窃盗犯にキュー太郎を連れ去られてしまう。極と協力し、キュー太郎を取り戻した瑠美恵は、キュー太郎に謝罪。自身も苦手な逆上がりができるよう練習を頑張るから、キュー太郎も飛べるようになろうと言葉をかける。 　こうして瑠美恵とキュー太郎はそれぞれの目標を胸に、他のエンジェルや友人と関わりながらも日々を過ごす。そんなある日、エンジェルだったが堕天し、デビルになったネコデビルが迫害に遭っていた。ネコデビルは度々キュー太郎をいじめていたが、キュー太郎はネコデビルを救うことを選択。ネコデビルを助けようとした最中、キュー太郎が空を飛んだ。 　無事、ネコデビルを助け出し、飛べるようになったキュー太郎。そんなキュー太郎の姿に瑠美恵は感化し、引き続きキュー太郎を一人前のエンジェルに育てること、また自身は逆上がりができるよう頑張ると改めて決意するのだった。