機械都市トーキョー――霧とネオンに覆われたこの街では、術式と電子回路が交錯し、欲望暴走型AI「Y.O.K.A.I」が時折人々を襲う。 平凡な女子高校生である、ハル・ミカドはある日、国家の最高人工知能によって陰陽師(オーソライザー)に任命されてしまう。 突然背負わされた「Y.O.K.A.I化した式神の駆除」の任務。だが、未熟な術者であるハルに待っていたのは、死と隣り合わせの日々だった。 任務中、追い詰められた彼女を救ったのは、漆黒の外套を纏う謎のハッカー――ドーマ。 ２人の出会いが「機械」と「人類」の未来を動かしていく・・・