進藤航太郎は都内の私立高校に通う高校２年生。異世界ゲーム好きが高じて、魔術を科学的に研究している。 ２学期が始まったある日、学園の全生徒に一つのＵＲＬが送られた。それは「モンスター・カモーン！ 学園編」という拡張現実アプリのダウンロードページだった。そのアプリを通して見ると学園内に潜む魔物が見えるという。初めは興味本位で遊び始める生徒たちだが、いつしか魔物に取り憑かれた生徒の異常行動が目立ち出す。 しばらくして進藤のもとに、学園から一通のメールが届く。それは今回の異常事態を収拾するための有志を募るものだった。招集をかけた体育教師と生物教師、集まった男女６人の生徒で対策チームを結成し、進藤の提案で魔物の調査を開始する。 調査の中で、進藤は次元境界に穴が開き、それがゲート化しつつあるという仮説に行きつく。また、メンバーの一人で魔物憑きの生徒は、魔物も何かに怯えていると告げる。不要な争いを避けるため、攻撃よりも防御を優先し、魔法陣をファンフォログラムで表示する方法を思いつく。 事態収拾の鍵であるゲート封鎖の方法を模索していた進藤は、ゲートがある場所こそがヒントだと気づく。生徒たちの異常行動が増す中、メンバーはゲートを封鎖するために探索に向かう。魔物憑きの生徒からの激しい妨害を受けつつも音楽室にゲートがあることを突き止める。そこにはゲートの存在を示す渦状に歪んだ景色と奥へと続く闇が広がっていた。 音楽室の共鳴音に気づいた進藤は、その音こそがゲート封鎖の鍵だと気づき、共鳴を止めるために音楽室にある楽器を壊すよう提案する。ゲートの勢力が弱まる中、なぜか二人の女生徒がゲートに引き寄せられてしまう。二人を止めるには一刻も早く、魔物の側にあるピアノを壊すしかない。機転を利かした生徒がピアノを弾くことで共鳴を止め、ゲート封鎖に成功する。 今回の事態を想定していた当局の介入もあり、事態は収束し、再び日常が戻る。