2087年東京。VR開発者のアキラは、新型システム「イージス」の深層で、デジタル世界のインフラを一人で支え続ける巨人アトラスと遭遇する。神話の時代から3000年、物理的な天から電子の天へと変化した世界を支え続け、疲れ果てたアトラスは、自身の血を引くアキラに後継を託そうとする。しかしアキラは、一人が全てを背負う時代を終わらせ、世界中のVRユーザーが無意識に処理能力を分担する「ネオ・アトラス」システムを開発。70億人が共に電子の天を支える、人類の新たな神話が始まる。