第２次大戦後、東と西に分断されていた東京。 活気に満ちたリバティ・セクターと、静かで抑圧的なコスモス・セクターの境界線上で全てを失った少年、相羽駆は、日本のエージェントとして比較的平穏な日々を送っていた 。 しかし、その平穏な日々は、東京で「新たな〝ナチュラル〟が覚醒した」という報せによって唐突に終わりを告げる 。 相羽駆は、故郷である東京で、稀有な才能を持つ少女、風間陽菜の護衛という任務を与えられる 。 彼女の才能を巡って、ロシアとアメリカの諜報員、そして日本のエージェントたちが水面下で争奪戦を繰り広げる中、相羽駆は、新たな日常を守るために戦うことを決意する 。彼の選択が、分断された街に生きる人々の運命を動かしていく 。