白石燈夜は、日本政府直属の対虚影組織に所属する最強クラスの「特異指定者」。 だが終わりなき戦いに疲れ、普通の高校生活を望んでいた。 組織から突きつけられた条件は「歴史研究部を再建し、高校生として活動せよ」という奇妙な任務。 表向きは地味な文化部だが、裏では虚影に関わる怪異を探り、人々の心の闇を解き明かす秘密の拠点だった。 戦いでは無敵の燈夜だが、極度の人見知りや人間関係の不器用さが彼を悩ませる。 彼は新たな仲間と出会い、高校生活と怪異事件の狭間で、自分の「居場所」を見つけていく――。