異界から流入した“異常”が世界を蝕む中、太古より人外と戦ってきた陰陽師の末裔・櫛名田景明は、その生まれ持った異能ゆえに世界の正常性の維持し、異常性を排除する組織に命を狙われる。 家は焼かれ、最愛の祖母は昏睡。復讐の闇に囚われた景明は右腕を切り落とされてもなお、機構に対して報復の手を緩めない。 脊椎に宿る神格――景明の姉であり母である女神ニリアは、彼を異界へと導き、失った心を取り戻させるべく試練を与えた。 異国の地で戦争に巻き込まれ、奴隷兵士として戦う中で、仲間たちと苦難を乗り越えた景明は、人として成長し現世へ帰還する。 ニリアと他の神格たちとの絆を結び、二つの世界の裏で蠢く黒幕――世界の原点回帰を目論む神とその配下に、神話の時代より続く戦いへの終止符を打つ。