世界樹ユグドラシルの枝葉に広がる異世界。 突如この世界に放り出された青年トネリコは、孤独と戸惑いを抱えたまま二年間、目的もなく旅を続けていた。そんな彼の前に現れたのは、太陽のように眩しくも、危うさが垣間見える少女、ニルファだった。 世界は大きな変革の渦中にある。伝説の魔王が再び蘇り、世界の均衡を揺るがす。彼らと対立する勇者も姿を現し、混迷は深まるばかり。意図せず変革に巻き込まれたトネリコとニルファは、宿命に抗うため、新たな冒険に出ることを決意する。 “世界の終わり”の先に待つものは絶望か、それともーー。