司書を目指す少女・詩音は、ある日森の中で、生きている図書館とそれに仕える「仕書」の少年・斯人に出会う。死者のための図書館・書寂館の加護で不眠不休の体を得た代償に、軟禁状態で奉仕する斯人。詩音の奮闘の甲斐もあり、斯人は加護の消失と引き換えに軟禁状態から解放される。 　詩音は霊力の才能ゼロながらも斯人の業務を手伝うことになった。途中、斯人の両親が書寂館に殺された事実など彼の過去に触れつつ、彼の働きぶりを見て、詩音は自身の司書への憧れを再確認する。 　その後、イギリス仕書・シャーロットと出会った詩音。彼女から仕書を手伝う「仕書補」という地位があることを聞いた詩音はそれを志願するが、斯人は拒む。詩音はシャーロットが斯人に依頼した相互貸借の手伝いをする。 　一方、同級生をいじめては転校していく「いじめ逃げ」の過去を悔やむ、詩音の級友・凛羽音は、保健室登校の天才少年・悠久と出会う。絆を深めていった二人は、落とし物を届けようと詩音を追いかけ、書寂館を訪れた。 　凛羽音と悠久が書寂館を訪れた時、斯人は体調を崩していた。彼に代わり、詩音はシャーロット、凛羽音、悠久とともに火急の仕事をこなす。 　後日、各国の仕書が集まるコンテストが行われ、斯人も参加。三年連続優勝のドイツ仕書・ルートヴィヒを制し、見事優勝した斯人は、仲間たちに祝われる。しかし、凛羽音がかつていじめ、唯一自殺に追い込んだ少女・優里香の名を聞いて斯人は豹変する。 　優里香は斯人の唯一の友だった。彼女の死が原因で仕書補をとらなくなったことを知った詩音は、自分はいなくならないからと改めて仕書補志願するが、斯人はやはり拒む。 　次の日、斯人は両親の仇うちに自分もろとも書寂館を霊力で滅ぼそうとする。しかし、真実は全く異なるものだった。復讐に生きてきた斯人はそれを知り、未来を見失うも、詩音の言葉で立ち上がる。最後は斯人自ら、詩音が仕書になることを望んだ。