守護獣と呼ばれる機体を操り、人類を脅かす敵に立ち向かう戦士を育成する学園――エクリプス・アカデミア。 そこに入学した橘悠真は自分に自信のない平凡な少年だった。 入学式の日、彼は白金の髪と緑色の瞳を持つ少女・桜木聖良と出会う。 美しも神秘的なその存在は学園からの注目を集めるが彼女には誰にも言えない秘密があった。 ライバルや仲間たちと共に悠真は守護獣を操りながら戦いに身を投じていく。 やがてそれは世界の真実にたどり着く――。