神託の儀を巡る戦いから一年。神域と物理世界は、不器用ながらも共存の道を歩み始めた。「調停者」として活動するユキたちの下に、新たな依頼が舞い込む。それは、東の巨大都市国家『ネオ・カブキチョー』で頻発する大規模ネットワークテロの調査だった。 　犯人は「リベルタス（解放者）」を名乗る謎のハッカー集団。彼らはインフラを破壊し、社会システムそのものを否定する。調査を進めるユキたちの前に、リベルタスに雇われた凄腕のサイボーグ傭兵・カイが立ちはだかる。そしてユキは、このテロの首謀者が、自分と同じく神域から追放された、もう一人の天才ハッカーであることを知る。