創立百周年を迎えた京都・宇治市にある北乃杜高校。寮生活をおくるサッカー部員の清水克文は、級友の横井圭、赤倉史朗、山科桃子、稲川みどりと学園で日々起きるさまざざまな出来事の謎解きに「探偵」として挑戦。そして、修学旅行や文化祭、卒業式などの様々な学校行事にも不思議な「事件」が発生。清水たちは解決に乗り出す。