ピアニストの夢を共に追いかけた双子の姉を「アーク・シティ第一研究所崩壊事故」で亡くした雫は、罪悪感から心を閉ざしていた。祖母の洋館で偶然見つけた古鏡「共鏡」に触れた彼女は、魂の記憶が漂う異世界「魂の回廊」へ吸い込まれてしまう。 この世界の歪みを察知した共鏡の守護者、佐紀は雫を現実世界へ引き戻す。しかし、佐紀は雫が世界の均衡を崩す危険な「特異点」であると警戒する。現実に戻った二人は、鏡を狙う巨大企業「アルカナ」のエリートエージェント、レイヴンに襲撃されるが、事故で異能に目覚めた「残響者（レジデュアル）」の海斗と優奈の介入により、難を逃れる。 雫は残響者たちと地下の隠れ家で共同生活を送る中で、彼らもまた事故の犠牲者であり、自分と同じ痛みを抱えていることを知る。彼女は、佐紀の厳しい修行と残響者たちとの交流を通じて、自分のトラウマである「魂の影」と向き合い、姉の死がアルカナの非人道的な実験によるものだったという真実を悟る。 レイヴンもまた、アルカナの真の目的が非人道的な「クロノス・プロジェクト」であることを知り、組織への忠誠と倫理観の間で葛藤。ついには組織を裏切り、雫たちの仲間となる。雫は、仲間たちと共に魂の回廊の最深部で最終決戦に挑み、アルカナが制御不能に陥った共鏡を、姉の願いを込めたピアノの旋律で「調律」し、世界の均衡を取り戻す。