黒谷裕一、76歳。理系最強と呼ばれた天才科学者は、量子物理学者の水谷裕二、化学者の田中恵理、電子工学者の中村遥とともに、タイムマシンの試作実験中に事故で命を落とす。だが目覚めると、彼らは異世界、魔法が常識で科学は迷信とされる世界に、幼女として転生していた。 赤ん坊として生まれ変わった黒谷は「コノハ」と名付けられ、言葉も通じず、体も未熟なまま育つ。しかし科学者としての知識はそのまま残っており、3歳で井戸水のポンプを動かし、4歳で虫眼鏡(自作)から火を起こすなどするが、周囲には「魔法の力」として認識されてしまう。 5歳になったコノハは、白衣を身に纏い、レモンと竹を使った簡易豆電球実験で電気の存在を証明しようと挑戦する。そこに、白髪で白ワンピースを着た少女、ユリ（水谷）が現れる。コノハは最初、幼女としての言葉遣いで会話するユリに困惑するが、転生前の仲間としての記憶を確かめると、二人は科学者としての絆を再び取り戻す。 やがて、化学と電子工学の才を持つ幼女、ハル（田中）とハルナ（中村）も合流。 魔法しか知らない世界で、幼女科学チームが結成される。小さな身体で、科学の力を実証し、魔法の世界に挑む彼女たち。 魔法が当たり前の世界で、科学が「新しい魔法」として光を放つ。 天才科学者たちの、幼女の姿での壮大な冒険と科学革命が、今、始まろうとしている。