帝国の後宮に仕える令嬢、秋月碧（17）は、薬学と理工を組み合わせた「理学家」だ。白衣と方程式帳を手に、後宮の秘密や不可解な事件に挑む。 ある夜、後宮で密室の死体が発見される。遺体は古い結晶化した泡に包まれ、窓は内側から閉まっていた。 刑吏は超常現象と断定しかけるが、碧は科学の眼差しで現場を見つめ直す。 事件の真相を追う碧は、帝都警務の警吏・相馬廉と手を組み、人の心と理学の両方を武器に、後宮に潜む嘘と愛、そして毒を暴いていく――。