進路に悩む高校三年生の橘ユウキは、未来を語る不思議な転校生・ミライから「タイムカフェ・リフレイン」と名付けられた特別なコーヒーを渡される。コーヒーを飲んだ瞬間、ユウキは時間が逆行するレトロなカフェに迷い込み、過去の思い出に戻れる能力が自分に備わっていると知らされる。しかしこの世界では「思い出の味」が人々の記憶から失われはじめており、ユウキはミライとともに時を超えてその謎を追うことになる。 　二人は1950年代の喫茶店へ遡り、感情や愛が込められた食の思い出が「未来効率化機構」によって科学的データに置換されてしまう場面に遭遇する。ユウキは自分の力で消えかけた記憶を守り、やがて機械的な合理主義に抗い、人間ならではの感情と愛情を世界に取り戻そうと奮闘する。ミライと力を合わせ、みんなの大切な思い出を一人一人に分け合いながら、失われた食事の記憶をよみがえらせていく。 　事件後、タイムカフェは過去も未来も結びつける場所となり、ユウキは「記憶復元スペシャリスト」として働くことを決める。母やミライとの温かな記憶を胸に、彼は新しい思い出を紡ぎながら、今日も人々の「思い出の味」を守り続ける。