高校二年生・一ノ瀬湊（いちのせ みなと）の平凡な日常は、自室に突然転移してきた謎の少女・朝霧叶音（あさぎり かのん）によって破られた 。 　未来から来た彼女の任務は『贖罪ポイント』を貯めて、世界線の過去の分岐点を補修すること。そして一年後に湊の命を『奪う』こと。 　だが、代償として、その日まで湊をあらゆる危険から守り、さらに願いを一つだけ叶えるという奇妙な契約を持ちかける。 　彼女の能力は半径1mでしか機能しない片道テレパシー 。この能力のせいで、二人は常に一緒にいて、移動中も三脚競走のような共同生活を送る羽目に 。 　周囲は誤解し、弁護士の姉・一ノ瀬未央（いちのせ みお）は二人の関係を勘違いして奇妙なルールを記した覚書を突きつけ 、幼なじみの速水渚（はやみ なぎさ）は「イチャつくな」と激怒する。 　そんな二人を冷徹に監視する未来から来た教師・御影歩（みかげ あゆむ） 。彼は二人の行動が規定から外れる「情緒的介入」だとして容赦なく減点を科す 。叶音にとって減点は自らの存在抹消を意味するため、二人は危機に瀕する 。 　しかし、湊を本気で守る叶音の姿を見た渚は、二人の協力者となる 。未央も法務担当として加わり 、チームで世界滅亡フラグの起点となる過去の研究記録の封印と、御影の監視を乗り越えるための無謀な作戦に挑む。 　叶音が提示した最終手段は、24時間だけ湊の全データを停止させ、形式上の「死亡」を作り出す『停止手続き』という計画だった 。これを実現すべく、学校や市役所を巻き込んだ前代未聞の『ハンコラリー大作戦』が始まる 。 　また、湊は唯一の願いを「叶音一人に責任を負わせない」ために使うと決め、仲間たちとの絆を証明する。 　決行の日、湊は『停止』し、一時的に世界から消えた 。計画の成就によって贖罪任務を完了した叶音は未来へ帰還 。 　叶音は去ったが、湊は片道テレパシーと半歩の足並みが遺した勇気を胸に、新しい日々を歩み始めるのだった。