地球から何億光年と離れた謎の惑星。そこには、核能力という特異能力を生まれつき兼ね備えている人類の変異体「核人間」が住んでいる。 東歴3463年6月6日。 主人公・アルファの住む国は、突如として現れた闇の組織・BDFによって侵略された。 彼は侵略によって奪われた「日常」を取り戻すために、「3年以内にBDFを崩壊させる」ことを条件として、彼らに支配された人々と国の興亡を巡る「聖戦」を行うことをBDFの首領の前で宣言する。 「理不尽かつ強大な闇」に打ち勝つために、幼馴染・マイケルと、支配から逃れた秀才少女・リアと共に国の保安組織への入隊を目指す。