禍津神(まがつかみ)という怪物が現れるようになり、大小の災害を引き起こし、人々の生活を脅かす日々。幼少期に妹と被災した高校生・倉持柊は、妹を養うため、禍津神を討伐する【禍津神鎮守機関アマテラス】の事務員を志すが…。