眠らない街、東京。華やかな表の顔とは裏腹に、この都市は多くの異能犯罪者たちが潜んでいた。闇に蠢く彼らを捕えるため、政府は存在すら隠蔽された秘密組織を擁していた。 その名は『特務0課』。彼らはあらゆる手段で異能犯罪者を取り締まる。目には目を。異能には異能を。犯罪者には、犯罪者を。 ある日、特務0課の手によって一人の少年が捕らえられた。彼の名前は鏡 真一。 その名前は、日本最大級の異能犯罪組織『天魁』のリーダーと目されていた男の名前だった。 だが捕らえられた少年は、自分の名前以外すべての記憶を失った特殊能力も持たない一般人だった。 刑務所の独房で目覚めた彼に告げられたのは、懲役999年という絶望的な刑期。 ただ一つ、その桁違いの刑期を減らす方法があった。 特務0課の特別捜査員として、異能犯罪に立ち向かうこと。 そして記憶を持たない少年は、数々の異能犯罪に巻き込まれていく。