江戸の終わりに現れた世界樹は、人々に「魔力」という新たな力を与えた。 やがて魔力は体系化され、魔法文明として発展する一方、科学を磨き上げた文明も並び立つ。 二つの文明は時に協力し、時に対立しながら現代へ――。 そんな時代に生まれた魔法科学校の少年と、科学化学校の少女。 偶然の出会いから始まった二人の関係は、やがて文明を揺るがす運命の物語へと繋がっていく。