普通の高校生・月野皐月は、ある夜、手に不思議な銀の刻印が浮かぶ。刻印に導かれ、彼女は異世界「ルナ・セレナ」へ召喚される。そこは月の魔法が支配する幻想世界で、人と精霊が共存していた。しかし世界は“闇の侵食”により滅びの危機に瀕していた。刻印の力で少女精霊・ルナと心を通わせた皐月は、次々に現れる仲間たちと共に、闇と運命に立ち向かう——。