港町で育った少女、朝霧茉莉（あさぎり・まつり）は、幼い頃の不運から男装で薬屋を手伝っていた。その才能を見込まれ、都の御薬所へと送り込まれることに。控えめで観察眼の鋭い茉莉は、匂いと薬を頼りに人の嘘や毒を見抜き、表向きは“自然死”に偽装された事件の真相を暴いていく。やがて宮廷に潜む高位者の陰謀や禁忌の薬方「紅繭（べにまゆ）」に辿り着き、若き侍従・漣（れん）との静かで確実な歯車が、宮廷の均衡を揺るがしていく――。