港町の外れにある小さな薬屋で暮らす18歳の瑠璃は、人の嘘や秘密を「匂い」で嗅ぎ分ける特異な才能を持つ。元町の老薬師・紅蓮に育てられ、薬学の知識と独自の「香刻（こうこく）」技術で、匂いの層から真実を読み解く。 ある日、都の若き監察官・相楽真冬に宮中へ呼び出される瑠璃。宮廷内で続く微かな中毒事件は、普通の毒理では説明できない不思議な「匂いの痕跡」を残していた。瑠璃は事件を解決しながら、王位継承を巡る陰謀や薬の改竄に気づき、権力者たちの策略と対峙することに。 冷静で毒舌な少女薬師の目を通して描かれる、宮廷の秘密と人の心理――小さな薬屋の少女が、匂いという目に見えぬ証拠で真実を暴く