199ｘ年、二人の天才生物改造学者はＤＮＡ秘密操作研究所を設立したのだが、やがて二人の研究の目的は善と悪に分かれることになる。そして平和のために研究に没頭した花園博士は、対立する邪悪な欲望に取り憑かれらもう一人の博士・相場に暗殺されてしまったのだ。しかし、人類愛に満ちていた花園博士は、地球の幸福な未来を託し、新しい３つの生命体を残していた。その名は超ＤＮＡ戦士・フロッグマン！博士の一人娘である花園リカを、相場が生み出した悪の怪物から守り抜き、復讐に挑む！