神が人の上に立ち、人々を導く世界。 その世界を造った七つ神の一人、序列第一位の最高神たるハーヴェ神によって突然聖女に選ばれたラファイア・ベルシルク。 彼女は聖騎士として神殿にいたところを、たまたまハーヴェ神に見初められたのだった。 だがハーヴェ神は違う少女を新たな聖女とし、いらなくなったラファイアに好きな所へ行けと言い放つ。 ラファイアは傷つき、それは彼女がハーヴェ神に恋していたからなのだと気が付いた。と同時に、彼女は今までモヤモヤと胸の内に燻っていた本当の自分の望みをはっきりと自覚した。 奇しくもハーヴェ神に捨てられたことによって自分の望みを理解した彼女は神を天界へ追い返し、人が人自身の手でこの世界を支配することを目論んだのだ。 これは一人の少女が強い願いによって成そうとする下剋上の物語。