治安が揺らぐ現代日本。国家の切り札として復活したのは、 かつて治安維持部隊として幕府の管轄下で活躍していた「新選組」。 現代に蘇った新選組は、警察にも自衛隊にも属さない独立した組織としてこの国の治安を維持している。 清水和樹は小学五年生の夏、暴動に巻き込まれた際に新選組の精鋭〈桜班〉に救われて以来、彼らに憧れ続けてきた。 そして、倍率80倍の壁を越えて、未来の隊士を育成する「国立新選組高等学校」への進学を掴む。 入学式で担任として学園に現れたのは――あの日、自分の命を救った桜班だった。