異世界の超古代文明と呼ばれていた時代は二つの陣営による戦乱の時代であった。二つの陣営のうち東側陣営によって一人の人造人間が作られる。その少女の名はリリカ。この少女は東側陣営が勝利するために作られた決戦兵器であった。 しかしリリカが兵器として扱われる事を良しとしなかったリリカを製造するために遺伝子を提供した女性リリスはリリカを別世界にそして未来に送る。そうする事で東側陣営に見つからないようにしたのだ。 リリカが送られた異世界は地球そこでリリスの子孫でありとある戦いの影響で地球に迷い込んでいた陽菜と言う女性に拾われたリリカは名を天野宮梨々香と変え兵器とはならず12歳の普通の少女に成長していた。 12歳に成長した梨々香は異世界から次元の裂け目を通って現れたゴブリンと対峙する事となりその際自分のために作られたマジアプロセッサーを使い魔法少女として覚醒する。 次々と現れる魔物そして悪の魔法少女。梨々香は大切なものを守るために魔法少女として戦いを始める。