西暦2300年ごろ・・・ 東京は2度の震災と富士山の噴火により壊滅。 復興を目指し、東京湾に巨大人口島「ノヴァ・トーキョー」を建設した。 そして2522年 NTPD（ノヴァ・トーキョー警察）に所属するリオは退屈な日常から一転、とある事件に介入する。 それはリオにとって重大な決意をもたらす事となった。