小学2年生の主人公、親盛冴人は非常に頭が良い。刑事である父親の影響もあり、趣味はミステリー小説を読む事だ。頭が良すぎると同級生と遊んでも面白く無い、とはならず、友達を自分の楽しめる遊びに誘う事ができた。自分の楽しめる遊び……それが冴人が創設した『少年探偵団』だ。たまたまだが、集まったメンバーの頭も良かった。『少年探偵団』のメンバーは、親盛冴人、人見信行、中川華代、薬丸一、小園空。『少年探偵団』は次々と事件を解決する。秘密の階段事件、浮気事件、ドッペルゲンガー事件……。そんな中、冴人はメンバーの1人、小園空の姉が重度の心不全だと聞かされ、ショックを受ける。 ある日、隣のクラスの優等生、手塚聡が『少年探偵団』に挑戦状を叩きつけてきた。だが、冴人は即座に暗号を解く事に成功する。手塚聡は、この結果を兄、手塚秀に伝えた。兄秀はかなり小柄な6年の優等生だ。秀は『少年探偵団』の能力の高さを認め、弟の敵討ちとばかりに挑戦を申し込んできた。『少年探偵団』は冴人の統率力でチームワークを最大限上げる事に成功したのだが……。