地方の山間に建つ古びた中学校には、戦後から伝わる奇妙な伝承があった。 ――旧校舎の階段は十二段しかないはずなのに、深夜に数えると“十三段目”が現れる。そこを踏んだ者は、やがて姿を消す。 軽い肝試しのつもりでその階段を訪れた生徒が失踪した日から、クラスに不気味な連鎖が始まる。夜な夜な階段の音を夢で聞く者、身体に段のような痣を刻まれる者、そして一人、また一人と残酷な形で命を落としていく級友たち。 「これは偶然じゃない。順番があるんだ。」 内気な少年・藤崎悠真と、責任感の強い委員長・高坂美優は、学校に隠された過去を追う。しかし調べるほどに浮かび上がるのは、戦時中に犠牲となった“十三人目の不在”という謎。 なぜ出席番号に欠番があるのか。 なぜ旧校舎の日誌は十三人で終わっているのか。 そして――十三段目が求めている“最後の犠牲”とは誰なのか。 やがて悠真は知る。自分こそが、その“欠けた一段”に選ばれていることを。