TVアニメ化作『スパイ教室』第3巻をコミカライズ！第2弾！ 失踪した『灯』の選抜チーム4人の行方を追う教官クラウス。一方、行方をくらましたティアとモニカの間で、アネットの母親の処置を巡り、決闘が勃発するのだが…？