３年前、突如発生した過去類を見ない大きさの空間異常『深域』。実験施設に囚われていた主人公・朝霧京は、発生時の混沌に乗じ辛うじて逃げることに成功するが、代償に命の恩人を喪ってしまう。その後運よく国の組織・魔導対策局に拾われるも、それまでの厳しい環境により寿命は残り１０年程であった。与えられた限りある時間で、彼は恩に報いるため数々の苦難を乗り越えていく。