かつて「バベル」と呼ばれた巨大都市は、天を衝く塔と共に栄華を極めた。だが人類の傲慢は天に嫌われ、都市は一夜にして崩壊し、廃墟と化した。 それから数百年――砂塵に埋もれたバベルに、再び人々が集まり始める。失われた技術、塔に眠る禁忌の知識、そして“バベルの心臓”と呼ばれる謎の装置を巡って。 主人公は、バベルの最下層で目覚めた記憶喪失の青年。彼はなぜか廃都を彷徨う“言葉を失った者”たちと意思疎通できる力を持っていた。 仲間を得て塔を登りながら、かつて人類が何を求め、なぜ神に裁かれたのかを知る旅が始まる。