借金地獄の父親を救うため、魔女に憧れる少女・雨宮箒は、国防軍魔女候補生学校に入学する。アニメで培った知識と不純な動機を抱えながらも、過酷な訓練を経て、大佐という異例の階級を得る。 しかし、世界大戦が勃発。故郷の惨状を目の当たりにした箒は、個人的な欲望を捨て、人々の盾となる「正義の魔女」として覚醒する。彼女の型破りな活躍は、国防軍や魔女の創設者である神宮寺結衣の思惑を超え、新たな戦いへと彼女を導いていく。