西暦2147年。環境崩壊と資源枯渇に直面した地球で、人類は最後の希望を託し八つの巨大船団を宇宙へ送り出す《アーク計画》を始動する。
その一つ「太平洋船団」は、日本の技術力とオセアニアの資源力を融合させた、多様性と柔軟性を強みとする独立勢力。彼らの目的地は二十光年先の理想郷《アルカディア》。
しかし、その航路には未知の文明との遭遇だけでなく、人類自身の分断と野心が待ち構えていた――。
希望と陰謀が交錯する大航海叙事詩、《宇宙艦紀アルカディア》の幕が今、上がる。