外の世界から外れた場所にある世界幻想郷。 そこには人間と妖怪が暮らしているもう一つの場所 そんな幻想郷には異変が度々起こることが良くある。 その異変を解決することを生業にしてる巫女がいる、それが博麗の巫女である最近その巫女と一緒に暮らしているもう一人の巫女もいる この二人が今共に暮らしておりそれぞれ夢も叶えてお互い協力し合って異変解決を行っている。 そんな中一人の青年が人間の里の近くの命蓮寺に現れた この時二人は知らなかったこの青年が幻想郷の運命を変える存在になる事を。