かつて世界を揺るがした「大戦」は、エンドブレイブと呼ばれる人型操縦型戦闘機の登場によって瞬く間に泥沼化し、多くの国家を滅ぼした。勝ち残った大陸は3つの巨大勢力に分裂し、冷戦と代理戦争が続く不安定な時代が訪れる。 主人公は生まれや家族の記憶を持たず、辺境の孤児院で暮らしていた。ある日、孤児院が大国の軍によって襲撃され、巨大なエンドブレイブの砲火が迫る。絶体絶命の中、謎のレジスタンス部隊が介入し、主人公を救い出す。彼らは主人公に告げる—— 「お前は失われた国が生み出した“十二の天才”のひとりだ。我々は祖国を取り戻すために戦っている。」 こうして、運命に導かれた主人公は、同じく各地に散らばる“十二の天才”を探し出し、失われた祖国の再興と世界の均衡を賭けた戦いに身を投じる