ガヴァメントウォールで囲まれたトーキョー。 ウィルスと共に閉じ込められた人々。 病気の爺ちゃんの為に手に入れた煙草で、オイラは環境庁都市開発推進管理部に監禁されてしまう。 そこでインビジブルに救出され行動を共にする中で、暗躍するファントムの陰謀に巻き込まれた事を知る。 そしてトーキョーの暗部に足を踏み入れる事になる。