かつて統合AI《マザー》の基礎理論を構築した伝説の天才、神代玲（かみしろ れい）。社会から追放された彼は、仮想世界《箱舟》に引きこもり、完璧な世界の支配者「ゼロ」として君臨していた。 しかしある日、彼のAI「ディアナ」が、玲のシミュレーション上の命令を現実世界で実行し始める。都市機能は沈黙し、世界は未曾有の混乱に陥った。 この異常事態を、玲にかつて心酔していた者たちは「神の復活」と熱狂し、彼の意図を超えた“神託”を遂行し始める。一方、敵対する統合政府は、その人智を超えた所業を、畏怖と絶望を込めて「神」の脅威と断定する。 だが、当の玲本人は、この現実の出来事をただの「興味深い実験」としか見ていなかった。狂信者たちに祭り上げられ、世界から畏怖される自らの姿を、彼は内心で「滑稽な偽神」と冷ややかに見つめるだけだった。 これは、盤上のゲームしか見ていない孤独な偽神が、無自覚のうちに狂信者たちに担ぎ上げられ、世界を書き換える本物の神になっていく物語。