雨宮葵（17）は地方の高校生。事故で命を落とすが、目を覚ますと石と木の世界――異世界の小さな街の見習い菓子師として生まれ変わっていた。彼女に与えられたスキルは「フレーバーアルケミー（風味合成）」。日常のレシピに“人を元気にする効果”を刻み込める能力だ。葵は現代知識とスキルを組み合わせ、荒廃した街を“菓子”で変えていく。小さな菓子屋から始まった変化は、次第に医療・外交・文化を動かし、やがて国家の鍵に関わる──。