何者かに呼ばれてふと目覚めた主人公、J。
研究所の奥で封印されている少女を見つけ、それを目覚めさせてしまう。
それがきっかけとなったのか研究所のマザーコンピューターは故障。施設としての機能を著しく低下させるとともに元々実験体として自我のなかった他の子供たちにまで自我が芽生え始める事態に。
管理された施設からは出ることが出来ず研究者たちの決定は彼らに一部の区画を明け渡しそこでのみならば生きることを許した。
食糧の供給、住み家、着るものさえもそのほとんどを制限される中で彼らはどう生きるのだろうか。