南の孤島・南ヶ島に暮らす内気な女子高生・神村杏奈は、放課後の港で謎めいた二人の少女――明るい緑髪のカコと、狐仮面の無口なコンに出会う。 二人に押し切られ、いわくつきの「沼田トンネル」へ案内した杏奈は、異様な赤い世界と怪異に襲われる。 コンの衝撃波で危機を逃れ、カコは「私たち、能力者なの」と告げる。 それをきっかけに杏奈は、島に潜む“カイイ”と呼ばれる怪異と、三人で挑む奇妙な日常に足を踏み入れていく――。 怖くて笑えて、ちょっと泣ける――南ヶ島カイイ事件簿、開幕！