京都の悲劇から6年後の2005年… 大学生へとなった比良坂綾奈だが、 かつて自らが引き起こしたｶﾞﾒﾗとｲﾘｽの戦いで人々を死なせてしまった出来事を忘れられず、苦しんでいた… 一方、 世界各地ではｶﾞﾒﾗが倒せずにいたｷﾞｬｵｽの生き残りが再び活動を開始し、人々を襲撃する。 鳥類学者・長峰真弓の助手である桜川瑞希はｷﾞｬｵｽの目撃情報が多数寄せられたﾆｭｰﾖｰｸに旅立つ。 やはりｷﾞｬｵｽは現れた。 ところが数年前のｷﾞｬｵｽの群れとの戦いで受けた傷を癒やしたｶﾞﾒﾗが出現!! 2大怪獣の戦いは再び都市を壊滅の危機に追い込んでしまう… その出来事が原因で日本政府は再び攻撃の対象をｶﾞﾒﾗに向ける。 数日後、ｷﾞｬｵｽ達は何かに惹かれる様に新潟を目指す… 瑞希も新潟へ調査に向かうが、思いもよらぬ事態が彼女を持っていた…