人類は感情を持ったエクス・マキナ［機械仕掛けの人間］の開発に成功しエクス・マキナと共存する社会を歩んでいたが、突然エクス・マキナが暴走して人々を殺害し始めた。 避難するのが困難だと判断したエクス・マキナのイツカは自ら囮となって家族を逃し、軍の部隊長であるカズキに助けられるも、突如現れた謎の生命体によってカズキの部下が殺害され、更には死んだ筈の部下が蘇り銀色の流動体となって姿を消してしまう。 事態を重く受け止めた国連はエクス・マキナ保護処分法を新たに成立させ、エクス・マキナに登録期限を設けつつ戸籍を与え保護すると共に、謎の生命体を［振り子］と称し科学武装兵器ＧＧ［ガデスギア］を用いて対抗する手段が決定される。 そんな中、登録期限内にイツカの家族が見付かるも、既に別のエクス・マキナが家族の元に居てイツカは居場所を失い死を覚悟するが、カズキが家族として迎え入れてくれた。 世間では暴走よりも振り子に対する脅威が話題になる中、戸籍登録から漏れたエクス・マキナを兵として振り子と戦わせる決定が成され、カズキはエクス・マキナと共に主要都市の奪還に成功し振り子を討ち果たす。歓喜に沸く人々はエクス・マキナを神を崇める様に大いに称えるが、一方でカズキは次々に巻き起こる事件に違和感を感じていた。 事態は収束したと思われたが再び暴走が発生し、度重なる事態に遂に民衆もデモを起こす。カズキは暴走の裏に旧型エクス・マキナが大量処分されていたのを知って暴走の原因は人間の都合で同胞が処分された恨みであるのに気付き、全てはエクス・マキナを利用し賞賛を得て自らの確固たる地位を確立しようとした新モデル推進派の政治家がエクス・マキナの暴走から人々の目を逸らす為に振り子をも生み出していた事にも気が付いた。 真実に心を痛めるイツカ。カズキは過ちを止める為に乗り込むが相手の卑劣な手によって倒れてしまい、イツカもそれを目にして怒り暴走する。傷付き怒りに囚われるイツカだが、目を覚ましたカズキが抱き締めてイツカは我を取り戻し静かに目を閉じる。 カズキの活躍によって戦いは終止符を得たが、イツカは暴走によって過去の記憶を完全に失ってしまった。それでも、カズキはイツカの空っぽな心を共に埋めると誓うと、カズキとの絆がイツカの記憶を奇跡的に蘇らせて二人の頭上には満天の星が輝くのだった。