2023年三月　宇宙から侵略者が現れた。人類の前に現れた外宇宙からの脅威は、知性を感じられない怪獣のようなものだった。宇宙怪獣と名付けられたそれはすべてを破壊し、地上を蹂躙していった。最初は権力者たちが足を引っ張り合い、無意味に消耗をしたが、戦いの中で権力者は失脚し、新たな形で世界は一丸となり宇宙怪獣に立ち向かい始めた。 時は2028年、親を亡くした避難所を転々としていた少女、南ユナはとある地方の避難所で出会った娘を目の前で亡くした男、藤沢タカシと共同生活を送ることになった。ユナはタカシに歩み寄るが、タカシは若干距離を取る。絶妙な距離感のまま生活を続けていたが、ユナは人類の知恵を集結させて生み出された最終兵器『スーパーロボット「アーク」』のパイロットに指名される。 同じく選ばれた四人の少女と衝突や和解をし絆を深めていく中、ユナとタカシの関係は少しずつ変わっていく。